Los fondos del Museo proceden casi en su totalidad de yacimientos situados en la comarca de Montilla. El Museo cuenta con una serie de espacios de exposición permanente en la que se muestra de un modo didáctico los materiales arqueológicos en sentido cronológico-cultural, desde la Prehistoria hasta el siglo XIX, acompañados de textos explicativos, fotografías, maquetas y dibujos, que ilustran la secuencia histórica del término municipal de Montilla.